Dalam penyidikan, Kejagung mengungkap bahwa program MBG seharusnya dikelola oleh yayasan Satuan Pelayanan dan Pemenuhan Gizi (SPPG) yang memiliki afiliasi dengan sekolah penerima manfaat.

Namun, dalam pelaksanaannya, sejumlah SPPG disebut ditunjuk karena memiliki hubungan dengan petinggi BGN. Selain itu, terdapat yayasan yang tidak memenuhi persyaratan sebagai mitra SPPG.

Penyidik juga menemukan dugaan praktik mark up dalam pengadaan berbagai barang yang berkaitan dengan pelaksanaan program MBG. Dugaan kerugian negara tersebut antara lain berasal dari pengadaan 21.801 unit motor listrik senilai Rp1,03 triliun, 32.000 pasang sepatu, 31.994 unit tablet, serta 5.400 unit televisi berukuran 75 inci.